Le microbiote intestinal est un écosystème de plusieurs centaines d’espèces microbiennes (bactéries, levures…) qui se constitue progressivement après la naissance chez l’animal et chez l’homme. Bien que la composition du microbiote intestinal soit spécifique à chaque individu, des études récentes chez l’homme et l’animal ont montré que la diversité du microbiote observée au sein d’une population peut être regroupée en grandes catégories présentant des caractéristiques similaires en termes de groupes bactériens représentés. Il est souvent admis que l’environnement, notamment celui de la mère à la naissance, et l’alimentation sont les principaux facteurs influençant la composition du microbiote chez les jeunes. En revanche, l’importance des facteurs génétiques de l’hôte pour son microbiote est encore débattue car peu évaluée. Une équipe INRAE ​​​​est sélectionnée pour la première fois 2 lignées porcines dont les parents ont été choisis sur la base de 2 types de microbiote intestinal. Les scientifiques ont par exemple étudié l’influence de facteurs génétiques sur la formation du microbiote intestinal de 1 000 porcs sur 3 générations.

Des lignées porcines sélectionnées pour leur microbiote intestinal

Pour évaluer s’il est possible de sélectionner les porcs en fonction de la composition de leur microbiote intestinal, les scientifiques ont d’abord démontré qu’il était possible de diviser les porcelets de 60 jours en 2 groupes correspondant à 2 types de microbiote, appelés entérotypes. Chaque entérotype est caractérisé par une abondance relative de 2 genres bactériens : Destiné à être et Avec Mitsuoké pour l’entérotype PM, et Ruminocoques et Tréponème pour entérotype RT. Pour établir les 2 lignées sélectionnées, les éleveurs ont été choisis sur la base d’une analyse des fèces, afin de préserver ceux possédant un microbiote de type PM ou RT. Les porcelets des 2 lignées ont ensuite été élevés exactement dans les mêmes conditions (même lieu, même alimentation).

Les résultats montrent que dans la lignée sélectionnée pour l’entérotype PM, la fréquence de cet entérotype est passée de 53 % dans la population initiale avant sélection à 87 % après 3 générations ; dans l’autre lignée, la fréquence de l’entérotype RT est passée de 47 % à 70 %. Les analyses des taux de croissance des 2 lignées montrent que les porcs sélectionnés pour le microbiote de type PM grandissent plus vite jusqu’à l’âge de 70 jours. Une analyse plus approfondie a révélé que les 2 entérotypes contenaient des bactéries ayant des activités métaboliques différentes. L’entérotype PM est sensiblement plus riche en gènes bactériens capables de décomposer l’amidon, de métaboliser les sucres et de synthétiser des acides aminés importants. Grâce à ces 2 lignées porcines, les travaux vont se poursuivre pour étudier la stabilité des entérotypes au cours de la vie des animaux et leur influence sur la production, la santé et le comportement des porcs.

Ces résultats prouvent que la génétique de l’animal a une influence significative sur la formation de son microbiote intestinal et que sa composition ne dépend pas uniquement de l’environnement. Ils confirment l’importance de prendre en compte le microbiote intestinal dans les schémas de sélection pour améliorer la durabilité et la résilience de l’élevage.

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